Ewakuacja części polskiej armii i władz cywilnych nie zakończyła oporu jaki społeczeństwo stawiało najeźdźcom. Wraz z końcem kampanii wrześniowej na terenach II RP zaczęto budować struktury Polskiego Państwa Podziemnego. Tworzono je w oparciu o żołnierzy Wojska Polskiego, którzy pozostali w kraju. Przeważająca część polskiej konspiracji podlegała utworzonemu w Wielkiej Brytanii legalnemu rządowi II RP. W porozumieniu z rządem Jego Królewskiej Mości wysyłał do kraju broń, instruktorów, pieniądze niezbędne do prowadzenia walki.
Armia Krajowa (AK), największa i najbardziej znana formacja zbrojna Polskiego Państwa Podziemnego, powstała 14 lutego 1942 r. z rozkazu Naczelnego Wodza gen. Władysława Sikorskiego. Oprócz walki zbrojnej z okupantem zajmowała się również: propagandą, wywiadem, łącznością, itp. Za akcje dywersyjne i specjalne przeciw okupantom odpowiadał Kedyw, czyli Kierownictwo Dywersji Komendy Głównej AK.
Działania AK obejmowały m.in. szkolenie członków oddziałów konspiracyjnych, mobilizowanie społeczeństwo do walki i oporu, prowadzenie akcje informacyjnej, gromadzenie broni. Rozbudowany wywiad przekazywał ważne informacje aliantom zachodnim np. dotyczące lokalizacji fabryk broni. Prowadzono akcje dywersyjne polegające na przecinaniu linii zaopatrzeniowych, rozklejaniu czy malowaniu symboli walki z okupantem (kotwica), likwidowano niemieckich dygnitarzy oraz kolaborantów, którzy współpracowali z wrogiem.
Kulminacyjnym momentem działalności AK była akcja „Burza” (1944–1945) i powstanie warszawskie (1 sierpnia 1944 r.). Postawa Sowietów, tj. rozbrajanie, aresztowanie i mordowanie polskich oficerów oraz żołnierzy podziemia, a także klęska powstania warszawskiego, doprowadziły praktycznie do końca działalności AK, która w styczniu 1945 r. została rozwiązana.

Ale struktury konspiracyjne i wola walki pozostała nadal.